Pays Uruguay
Age 29 ans
Date de naissance 8 janvier 1981
Lieu de naissance Montevideo (URU)
Taille 1m86
Poids 84 kg
Poste Milieu
Club actuel AIK Stockholm
Eguren commence sa carrière dans son pays natale en Uruguay pour Montevideo Wanderers, mais il tente très tôt une expérience à l'étranger et part pour le Mexique à CF Puebla. Mais l'expérience est très courte et il revient chez les Wanderers. Il commence sa carrière professionnelle lors de la saison 2001-02 où il signe une belle saison avec 6 buts pour 36 matchs.
L'année suivante il signe chez le rivale de Montevideo : le Danubio Fútbol Club où il réalise également une saison complète avant de repartir pour un autre club uruguayen le Nacional et finalement retourner au club de ses débuts : Montevideo Wanderers.
Le 12 février 2004, avec son club de Nacional il rencontre le club équatorien de Club Deportivo El Nacional lors d'un match de Copa Libertadores il est contrôlé positif à la cocaïne et est suspendu pour six mois pour toutes compétitions de football. Il a consommé un thé à la Coca, qui est très répandu dans les Cordillère des Andes pour atténuer les effets de l'altitude car ce match se jouait à plus de 2 800 mètres du niveau de la mer à Quito. C'est l'une des plus courtes suspensions pour ce genre délit.
Au mois d'août 2005 il tente une carrière européenne et signe en Norvège à Rosenborg BK [2] mais il peine à s'y imposer en jouant seulement 8 matchs de championnat norvégien et un match de League des Champions contre Lyon en rentrant à la 84e minute à la place de Oyvind Storflor (1-2).
En janvier 2006, il se fait prêté au club suèdois d'Hammarby IF où il devient peu à peu une icône populaire grâce à son fighting spirit et ses buts décisifs lors des derby de Stockholm. Cependant, il fait son 1er match sous ses nouvelles couleurs suédoise le 25 juillet 2006 contre IF Elfsborg en rentrant à la 54e minute à la place de Pablo Piñones-Arce (0-3). Ses premières apparitions son convaincantes et le club suèdois le fait signer un contrat de 3 ans.
Le 30 janvier 2008, Eguren est prêté à Villarreal CF où il rejoint la grosse colonie sud-américaine du sous-marin jaune pour la fin de saison 2007-08 où il aide le club à finir à la deuxième place. Il s'acclimate immédiatement dans l'entre jeu de Villarreal, avec Marcos Senna il forme une paire de milieux défensif très intéressante. Forcément, le club espagnol transfert définitivement Sebastian pour un montant de 1,3M€ en lui proposant un contrat de 3 ans.
Le 15 avril 2009, lors du match retour du quart de finale de League des Champions il est expulsé à la 67e minute lors de la démonstration d'Arsenal.
Le 29 janvier 2010, il est annoncé qu'il est prêté pour 6 mois dans le club italien de la SS Lazio. Mais finalement le transfert n'aboutit pas. Il signe librement en février 2010 en Suède chez le leader du championnat : AIK Solna.